大学毕业生夏木，在祖父位于海边的老宅里，发现了一个神秘的黑色手提箱。箱子里没有宝物，只有一本泛黄的日记和一张通往“箱庭世界”的车票。每当夏木提着箱子入睡，他的意识便会进入一个由记忆碎片构成的微型世界，那里生活着早已逝去的故人，也隐藏着祖父留下的最终谜题。
夏木在箱庭世界里找到了祖父的意识核心，祖父告诉他，这个世界即将关闭。在消散的光芒中，祖父拍着他的肩说：“该去建造你自己的箱子了，孙子。”
夏木在箱庭深处发现了一个哭泣的年轻女子，那是他从未见过、在生下他后就去世的母亲。母亲小心翼翼地触碰他的脸，只为确认他真的长大了。
一直引导夏木的狐狸精灵，其实是祖父年轻时救过的一只真狐狸。它为了报恩，自愿成为箱庭的看守，等待了整整六十年，只为完成主人的托付。
通过日记，夏木得知祖父曾遭遇过一场海难，箱庭世界正是为了纪念在那场海难中消失的伙伴们而创造的。这个箱子，承载着一段无人知晓的悲壮历史。
夏木尝试在箱庭里打开一扇紧闭的门，却被一股强大的力量弹回现实。他发现钥匙就在老宅的灯塔顶端，而灯塔的灯泡，必须由他亲手点亮。
夏木在整理祖父遗物时，被一个黑色的手提箱莫名划破了手。血滴在箱子上，箱子发出微光，当晚，他便梦见了那个有狐狸在奔跑的奇异迷你世界。